Fungicidi se klasificiraju prema načinu na koji se koriste

1. Zaštitno sredstvo
Prije nego što patogeni mikroorganizmi dođu u kontakt s biljkom ili urone biljku, biljka ili okoliš koji je okružuje tretiraju se lijekom za inhibiciju klijanja patogenih spora ili ubijanje proklijalih patogenih spora kako bi se biljka zaštitila od oštećenja. Taj se učinak naziva zaštitni učinak. Sredstva s ovim učinkom su zaštitna sredstva. Kao što je Bordeaux mješavina, cink cink, bakrov sulfat, zeleni mliječni bakar, mankozeb, klorotalonil i tako dalje.
2. Terapeutska sredstva
Patogeni mikroorganizmi terapeutskog sredstva infiltrirali su se u biljku, ali biljka pokazuje simptome i nalazi se u razdoblju inkubacije. Lijek prodire u biljno tkivo iz pokožice biljke, te transdukcijom, difuzijom ili proizvodnjom metabolita ubija ili inhibira patogena, tako da bolesna biljka više ne pati i oporavlja se. Sredstva koja imaju ovaj terapeutski učinak nazivaju se terapeutska ili kemoterapijska sredstva. Kao što su tiofanat-metil, karbendazim, kasugamicin i tako dalje.
3. Sredstvo za iskorjenjivanje
Eradikanti se odnose na patogene koji mogu izravno ubiti patogene koji su napali biljke kada se primjenjuju nakon što su biljke zaražene. Sredstva s takvim eradikacijskim učinkom su sredstva za eradikaciju. Kao što su tiram, natrijev pentaklorfenat, sumporno vapno i tako dalje.