Prvi fungicidi bili su anorganski spojevi, među kojima se i danas koriste sumporni prah i bakreni pripravci (vidi Bordeaux mješavina). Godine 1914. I. Reem iz Njemačke prvi je upotrijebio organske spojeve žive za suzbijanje pšenične plamenjače, što je označilo početak razvoja organskih fungicida.
Godine 1934. WH Tisdale i drugi u Sjedinjenim Državama otkrili su baktericidna svojstva dimetil ditiokarbamata. Od tada su se organski fungicidi počeli brzo razvijati. Postoje tri glavne serije organskih sumpornih fungicida razvijenih 1940-ih i 1950-ih: tirami, disoni (kao što su cinkovi disoni) i triklorometiltiodimetilkarboksimidi. Osim toga, razvijeni su i organski klor, organska živa, organski arsenski fungicidi. Većina ovih fungicida su zaštitna sredstva i imaju ograničenja u primjeni.
Od 1960-ih pojavilo se više kemijskih vrsta fungicida, a najvažniji napredak je pojava sistemičnih fungicida.
Godine 1965. Japan je razvio organofosforni fungicid Daobenjing. Godine 1966. Sjedinjene Države razvile su gliciniju. Godine 1967. Sjedinjene Države razvile su benomil. Godine 1969. Japan je razvio tiofanat. Triciklazol je razvijen u Sjedinjenim Državama 1977., metalaksil je razvijen u Švicarskoj, a aluminijev trietilfosfat je razvijen u Francuskoj 1978. Sistemski agensi predstavljeni gore navedenim postali su glavni tok razvoja fungicida od 1970-ih. U isto vrijeme, poljoprivredni antibiotici su se brzo razvili. Organska živa, organski arsen i neki organski klorni fungicidi postupno se povlače iz upotrebe zbog toksičnosti ili onečišćenja okoliša. Nova generacija sistemičnih sredstava dodatno je proširila tržište fungicida zahvaljujući poboljšanom suzbijanju. Do 1980-ih bilo je više od 200 vrsta fungicida. Prema istraživanju, 1985. godine prodaja fungicida u svijetu dosegla je 2,54 milijarde američkih dolara, što je činilo 18,4 posto ukupne prodaje pesticida.
Godine 1984. prodaja sistemičnih sredstava u fungicidima činila je 44,2 posto, a nesistemičkih sredstava 55,8 posto. Već gotovo pola stoljeća razvoj fungicida uglavnom je usmjeren na sredstva za prevenciju i liječenje gljivičnih bolesti, dok je istraživanje i razvoj sredstava za prevenciju i liječenje bolesti uzrokovanih bakterijama i virusima još nedovoljno. Od 1950-ih Kina je uglavnom razvila zaštitne fungicide. Od 1970-ih počela je razvijati sistemične fungicide i poljoprivredne antibiotike, a prestala je koristiti organska sredstva za živu. Budući da je tehnologija primjene fungicida relativno komplicirana, brzina razvoja nije tako velika kao kod insekticida. Međutim, poljoprivrednici sve više prepoznaju zaštitni učinak fungicida na poljoprivrednu proizvodnju. S modernizacijom kineske poljoprivrede, razvoj fungicida neizbježno će se ubrzati.